細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。

主要用途

用于研究病理學，遺傳學，細胞生物學，神經生物學，發育生物學的樣品。

注意事項

1. 要特別注意保持鏡頭潔凈，不可直接接觸鏡頭或者光路中的元件。
2. 當鏡頭表面有油污或指紋時，可用脫脂棉或擦鏡紙沾少量無水乙醇和乙醚（3:7）混合液輕輕擦拭
3. 油鏡使用完后，務必立即境界鏡頭，防止有機溶劑加速鏡頭周彪塑料老化。
4. 汞燈開啟后，不觀察熒光時關閉熒光通道，防止樣品淬滅，注意不可直視激光，防止損傷視力。
5. 汞燈開啟后半個小時以上才能關閉，關閉后半個小時以上才能再次開啟。